Родился 10 июня 1923 года в селе Красный Яр Камышинского уезда Саратовской губернии, в многодетной семье крестьянина. Отец - Лежепеков Яков Макарович. Мать - Лежепекова Александра Григорьевна. Супруга - Лежепекова Диана Викторовна. Дети: Ирина Васильевна (1946 г. рожд.), Наталья Васильевна (1953 г. рожд.), Виктор Васильевич (1959 г. рожд.). Внуки: Наталья (1971 г. рожд.), Максим (1975 г. рожд.), Василий (1985 г. рожд.), Дмитрий (1993 г. рожд.).

В школу Василий пошел в родном селе в 1930 году. В 10-м классе, мечтая стать летчиком, уехал в Сталинградское летное училище. Но его не приняли по здоровью.

В 1940 году, окончив школу, он с другом поехал в Ленинград. Там они поступили в Военно-механический институт (тогда - закрытый, секретный), на артиллерийский факультет. Через четыре месяца ввели плату за обучение, и Василий прервал учебу, вернулся в родное село и устроился на работу в редакцию районной газеты "Молотовец".

С началом войны все молодые сотрудники редакции пошли в военкомат, но на фронт их не взяли. Только в сентябре 1941 года Василия призвали в армию и направили в школу сержантского состава в станицу Усть-Лабинскую Краснодарского края. Там его направили на учебу в Краснодарское артиллерийско-минометное училище. В мае 1942 года он окончил ускоренный курс и в звании лейтенанта назначен командиром взвода управления артиллерийской батареей в сформированный из курсантов училища Краснодарский полк. В его составе Василий прошел с боями до города Грозного, где из полка вновь сделали училище. Василия направили в Кушку на должность командира взвода курсантов.

В конце 1943 года В. Лежепеков стал командиром батареи на 2-м Украинском фронте. Он прошел юго-западную Украину, Молдавию, Румынию, Венгрию до города Секешфехервар. В 1944 году он вернулся в Краснодарское артиллерийско-минометное училище и стал командиром батареи курсантов. Ближе к концу войны в училище начались плановые замены командного состава людьми с высшим военным образованием. В 1946 году, уже будучи капитаном, Лежепеков обратился к командующему артиллерией округа с просьбой послать его на учебу для получения высшего образования. Но командующий предложил еще год прослужить командиром полевой батареи в Сталинграде. Тогда Василий попросил уволить его из армии и подал рапорт. Ответ пришел только через три месяца - уволить из армии по возрасту.

Он поступил в Минскую школу профдвижения и окончил ее по специальности "экономист по труду". Параллельно получил юридическое образование. Вскоре был назначен заведующим отделом пропаганды и агитации Ворошиловского райкома партии города Минска. Через год В. Лежепеков - заместитель заведующего отделом пропаганды и агитации Минского обкома партии. В 1953 году Василия Яковлевича перевели на работу в Червенский райком партии вторым секретарем, а через два года - первым секретарем в Березинский райком.

В 1963 году В. Я. Лежепеков с отличием окончил Академию общественных наук в Москве. В 1963-1964 годах работал инспектором Среднеазиатского бюро ЦК КПСС. Затем по приглашению первого секретаря ЦК Белоруссии К.Т. Мазурова переехал в Минск, где его избрали вторым секретарем Минского горкома партии, а в феврале 1966 года - вторым секретарем обкома партии.

В августе 1969 года - крутой поворот судьбы: В.Я. Лежепекова назначили начальником политуправления Погранвойск КГБ СССР. В 1973 году он становится начальником управления кадров КГБ СССР, а в 1978 году, оставаясь в этой должности, - еще и заместителем председателя КГБ СССР. С марта 1983 по август 1986 года работал заместителем министра внутренних дел СССР.

После ухода на пенсию Василий Яковлевич еще лет пять проработал в институте космических исследований у Р.Сагдеева, а потом три года в аппарате фонда академика Шаталина. Ныне он - член Совета Ассоциации ветеранов контрразведки. Выступает перед школьниками, курсантами Академии КГБ.

Генерал-полковник В.Я.Лежепеков награжден орденами Октябрьской Революции, Красного Знамени, Отечественной войны I степени, Красной Звезды, тремя орденами Трудового Красного Знамени, орденом "Знак Почета", медалями "За победу над Германией", "За отличие в охране государственной границы СССР", двумя орденами Монголии, двумя орденами ГДР, орденами и медалями Кубы, Чехословакии, Польши, Румынии, Болгарии.

Живет в Москве.