Юрий Гильшер родился 27 ноября 1894 года в Москве, в семье потомственных дворян. 13 декабря 1914 года он поступает в Николаевское кавалерийское училище (до этого учился в инженерном училище).

29 августа 1915 года добивается перевода в авиацию, заканчивает школу летчиков в Гатчине и, 19 ноября 1915 года, отправляется во вновь сформированный 4-й Армейский авиаотряд. Через несколько недель, лопастью винта, он серьезно повредил себе руку (перелом костей правого предплечья) и был отправлен в госпиталь.

После выздоровления Гильшера направили в Одессу, для восстановления навыков управления аэропланом. На фронт он вернулся лишь 5 апреля 1916 года. После присвоения Гильшеру чина корнета, его направили командовать 7-м истребительным отрядом ( вместо И.А.Орлова, погибшего в бою ).

9 мая 1916 года Юрий Гильшер, попав в штопор, потерпел катастрофу на самолете Сикорский С-16 и ему ампутировали левую ступню. Не желая расставаться с авиацией, он учится летать с протезом. Вскоре Гильшер возвращается на фронт и продолжает вести бои вместе с летчиками своего авиаотряда - уже 4 апреля 1917 года он сбил в бою очередной немецкий аэроплан. 7 апреля 1917 года (по другим источникам - 20 Июля) Гильшер совершил свой последний полет. В паре с летчиком В. И. Янченко, на истребителе "Ньюпор-21", он смело вступил в бой с 8-ю вражескими самолетами. На помощь врагу прилетели еще 10 немецких самолетов. Русские храбрецы вдвоем кинулись в атаку на противника. Самолет Гильшера был подбит и камнем упал на землю...

К тому времени на его счету было 5 официальных побед. Летчик Янченко сумел приземлиться рядом с погибшим героем, взял его тело и доставил на аэродром.