Шапошников родился 20 сентября 1882 года в уездном городе Златоусте.
До 11 лет Борис воспитывался у бабушки. Закончил Красноуфимское промышленное училище, а в 1899-м, по окончании Пермского реального училища, получил аттестат зрелости. В 1901 году Шапошников поступает в Московское Алексеевское военное училище юнкером во 2-ю роту. 20 октября 1902 года юнкеру Борису Шапошникову присвоено звание армейского унтер-офицера. 10 августа 1903 года Шапошников был произведен в подпоручики и назначен командиром полуроты в Первый стрелковый Туркестанский батальон в Ташкент.

20 ноября 1906 года Шапошникову присвоили звание поручика. В 1907 году Шапошников успешно сдал экзамены в академию Генштаба и 16 октября был принят на младший курс. В 1910 г. Шапошников закончил Императорскую Николаевскую военную академию и за отличные успехи был произведен в штабс-капитаны, причислен к академии Генерального штаба. Он возвратился в Туркестанский военный округ, вернулся в свой полк и принял под командование роту.

26 ноября 1912 года Шапошников был переведен в Генеральный штаб с назначением старшим адъютантом штаба 14-й кавалерийской дивизии в г. Ченстохов в четырех часах езды от Варшавы. 6 декабря 1912 года Шапошникову присвоили звание капитана.

В начале Первой мировой войны, в августе и сентябре 1914 года 14-я кавалерийская дивизия, в штабе которой служил Шапошников, участвовала в Галицийской битве. За активное участие в боях Галицийского сражения Шапошников был награжден орденом Владимира 4-й степени, орденами Анны 4-й и 3-й степени и Станислава 3-й степени. К этому времени он приобрел боевой опыт и глубокие навыки в оперативной штабной работе.

В январе 1915 года капитан Шапошников - помощник старшего адъютанта разведотдела штаба 12-й армии Северо-Западного фронта. В ноябре Шапошникова назначают начальником штаба Отдельной сводной казачьей бригады, в декабре ему присваивается звание подполковник. В мае 1916 года Шапошникова повышают в должности, назначают начальником штаба 2-й Туркестанской дивизии.

Февральскую революцию Шапошников встретил в должности исполняющего обязанности начальника штаба 10-го армейского корпуса. В августе 1917 года Временное правительство присвоило Шапошникову звание полковник. В сентябре Шапошникова назначают командиром 16-го гренадерского мегрельского полка.

В этой должности Борис Михайлович встретил Великую Октябрьскую революцию. Вскоре был назначен командующим Кавказской гренадерской дивизии, в которую входил его полк. Однако в январе 1918 года он был эвакуирован с фронта по болезни.

В марте 1918 года по выздоровлении полковник Шапошников был уволен по демобилизации в бессрочный отпуск. В апреле 1918 года Шапошников изъявил желание служить в новой Рабоче-Крестьянской Красной армии. 28 мая 1918 года он назначается на должность помощника начальника Оперативного управления штаба Военного совета республики. В октябре 1918 года Шапошникова назначили начальником Разведывательного отдела Полевого штаба Реввоенсовета. В ноябре создается Высшая военная инспекция РСФСР, Шапошников назначается старшим помощником заведующего Особым делопроизводством военного отдела этой инспекции.

На Украине после разгрома банд Петлюры были созданы новые военные властные структуры. Шапошников назначается первым помощником начальника штаба Наркомвоенмора Украины. Вскоре он отзывается с Украины и в августе 1919 года вновь назначается начальником разведывательного отделения Полевого штаба РВС, а в октябре начальником Оперативного управления Полевого штаба РВС.

В феврале 1921 года Шапошникова назначают первым помощником начальника штаба РККА. Во время Первой мировой войны Борис Михайлович был награжден шестью орденами. В октябре 1921 года он получил первый орден Красного Знамени.

В ноябре 1922 года Шапошникова командируют в Швейцарию. В 1927 году Бориса Михайловича из Ленинграда переводят в Москву и назначают командующим войсками Московского военного округа. В 1928 году его назначают начальником штаба РККА. На этой должности Шапошников оставался до 1931 года. В октябре 1930 года его решением ЦК ВКП(б) принимают в партию без кандидатского стажа. В апреле 1931 года назначают командующим войсками Приволжского военного округа, а через год он уже вновь в Москве, теперь на должности начальника и комиссара Военной академии им. М. В. Фрунзе. В 1934 году Шапошников награждается орденом Красной Звезды, в 1935 году избирается членом ЦИК, и ему присваивается ученое звание профессора высших военно-учебных заведений РККА.

С сентября 1935-го Шапошников командует войсками Ленинградского военного округа.

В феврале 1937 года он избран депутатом Верховного Совета СССР, а в мае назначается начальником Генерального штаба Красной армии, сменив на этом посту М. Н. Тухачевского, позднее арестованного по ложному обвинению в заговоре против правительства. Шапошников был включен в состав Особого совещания по суду над группой Тухачевского и вместе с другими членами комиссии подписал смертный приговор, о чем сожалел до конца жизни.

В феврале 1938 года Бориса Михайловича награждают вторым орденом Красной Звезды и медалью "20 лет РККА". В декабре 1939 года Шапошникова награждают орденом Ленина. В мае 1940 года Борису Михайловичу присвоили звание Маршал Советского Союза. В августе 1940 года Борис Михайлович Шапошников был смещен с должности начальника Генерального штаба и назначен заместителем народного комиссара обороны СССР.

С началом Великой Отечественной войны Шапошников занимает должность постоянного советника при Ставке Верховного главнокомандования. Впоследствии, будучи больным туберкулезом, назначен начальником Генерального штаба Красной армии, сменив на этой должности генерала Жукова. С этого момента Шапошников практически руководит не только Генштабом, но и всеми Вооруженными силами страны. Болезнь Шапошникова прогрессировала, в мае 1942 года он сдал должность начальника Генштаба своему заместителю, генералу армии Василевскому, по-прежнему оставаясь заместителем народного комиссара обороны СССР. В октябре Шапошникова наградили вторым орденом Ленина.

Здоровье маршала ухудшалось. Шапошников подает в отставку, но идет война, и в июне 1943 года Бориса Михайловича назначают начальником Высшей военной академии имени Ворошилова. В феврале 1944 года его награждают орденом Суворова 1-й степени, в феврале 1945 года - третьим орденом Ленина и медалью "За оборону Москвы".

26 марта 1945 года, не дожив до Победы 45 дней, Шапошников скончался. Похоронен в Москве у Кремлевской стены.