Родился 7 июля 1918 года в селе Палеевка Ямпольского района Сумской области. Отец - Исаенко Данило Иванович (1877-1964). Мать- Исаенко Анна Лаврентьевна (1878-1928). Супруга - Исаенко (Иванова) Валентина Ивановна (1920 г. рожд.), художник. Дочь - Шадская Елена Ивановна (1943 г. рожд.). Внук - Шадский Иван (1968 г.рожд.). финансист. Правнук - Юрий (2001 г. рожд.).

Детство Ивана прошло в крестьянском труде. Отец до вступления в колхоз в 1933 году имел свое хозяйство. Мать скончалась, когда Ване не исполнилось еще и 10 лет. После окончания средней школы в 1934 году он поступил в Воронежский химико-технологический институт. С 5-го курса института был направлен в Харьковскую военно-хозяйственную академию имени Молотова на инженерный факультет, который окончил в 1940 году.

Далее получено направление в Москву в Управление начальника снабжения на должность помощника начальника отдела. Через три месяца сбылось желание оказаться в войсках, когда Иван Исаенко был назначен начальником продовольственной службы 89-й стрелковой дивизии. Затем состоялся перевод в Орловский военный круг.

С началом Великой Отечественной он - инженер продовольственной службы 20-й армии. В октябре 1941 года 20-я армия оказалась наряду с другими армиями Западного фронта в окружении в районе Вязьмы. Выходя из окружения в районе деревни Левино, Иван попадает в партизанский отряд. Пришлось ходить в разведку, минировать дороги, мосты, нападать на немецкие обозы, тем самым пополнять скудные продовольственные запасы отряда. В январе 1942 года после освобождения территории от немцев, на которой находился партизанский отряд, Исаенко получает назначение в продовольственную службу Брянского фронта.

Здесь в 1942 году в Управлении военных сообщений фронта Иван Данилович встретил свою будущую жену, Иванову Валентину Ивановну работавшую там, а затем в штабе тыла Центрального фронта чертежницей. До настоящего времени - это его настоящий друг и советчик.

С началом Курской битвы Иван Данилович получил назначение начальником инспекции Уппродснаба фронта и до конца войны проработал на различных ответственных должностях в этой службе в Вооруженных Силах.

Главной обязанностью И. Исаенко стал фронтовой хлеб - стратегический ресурс, в производстве и поставке которого сбои должны быть исключены. В 1942 году Государственный Совет Обороны возложил на военные советы фронтов, участвующих в боевых действиях на Юго-Западном направлении, проведение уборки урожая и заготовок зерна, овощей и других сельскохозяйственных продуктов в тридцатикилометровой прифронтовой полосе с тем, чтобы за счет местных ресурсов обеспечить текущее снабжение войск и создание необходимых запасов по указанным продуктам. Был установлен твердый порядок доставки продовольствия от высшего звена к низшему, с возложением ответственности на высшее звено. Это обстоятельство сыграло положительную роль уже в битве под Курском.

Освобождение нашими войсками значительной территории страны позволило увеличить продовольственные ресурсы. Уппродснабы всех фронтов, их руководители и среди них И.Д. Исаенко со второй половины 1943 года были заняты быстрым восстановлением сельского хозяйства на освобожденных территориях. В 1944 году страна получила свыше 47 миллионов тонн зерна вместо 30 миллионов тонн, полученных в 1942 и 1943 годах. Началось восстановление пищевых предприятий в освобожденных районах. К концу 1943 года вновь заработал ряд сахарных заводов в Курской области и на Украине. Обеспечение войск, участвующих в операциях 1944 года, осуществлялось уже в более благоприятных условиях. С учетом боевого опыта войны были разработаны и приняты для обеспечения войск новые технические средства, позволявшие лучше обеспечивать войска в ходе наступления. Продовольственной службе приходилось дополнительно к своим прямым обязанностям выполнять большую работу по оказанию продовольственной помощи населению крупных городов. К началу Берлинской операции 1-й Белорусский фронт имел запасы продовольствия по основным продуктам на 2 и более месяцев, а запасы зерна, заготовленные из местных ресурсов, доходили до 6 месяцев. Однако положение значительно осложнилось, когда перед фронтом была поставлена задача обеспечить продуктами до 1 миллиона репатриантов из числа граждан СССР и союзных государств и около 500 тысяч немецких военнопленных. Трудности возросли, когда выяснилось, что фронту необходимо будет первое время обеспечивать продовольствием до 3,5 миллионов человек населения Берлина. Последние 10-15 дней до падения Берлина его жителям не выдавался даже хлеб. Постановлением Государственного Комитета Обороны обеспечение продовольствием было возложено на 1-й Белорусский фронт, а значит, персонально на И.Д. Исаенко.

Ему же пришлось выполнять постановление Военного совета 1-го Белорусского фронта об организации обеспечения детей молоком до семилетнего возраста. Важное значение имела помощь Красной Армии в проведении весеннего сева на территории освобожденных государств.

Военный совет фронта принял специальное постановление по освоению 250 тысяч гектаров пахотных земель, из которых 130 тысяч гектаров непосредственно приходилось на войска. Уппродснаб фронта, И.Д. Исаенко лично призваны были в короткий срок завершить сев. Для этих целей были мобилизованы: 18 тысяч солдат и офицеров, 195 тракторов, 22 тысяч лошадей, 11,5 тысяч тонн семенного зерна. Каждая армия, каждый корпус принимали в этом участие.

После взятия Берлина и окончания войны Исаенко при создании Группы оккупационных войск в Германии (затем Группа советских войск Германии) работал в должности заместителя продовольственной службы, а с 1949 по 1950 год - начальником продовольственной службы Группы.

С 1950 года он был назначен начальником продовольственной службы Белорусского военного округа. С 1952 года по 1954 год - начальник инспекции Управления продовольственного снабжения Министерства обороны. С 1954 года по 1961 год - начальник отдела, председатель технического комитета, заместитель начальника Управления продовольственного снабжения Министерства обороны. С образованием в 1961 году Центрального продовольственного управления Министерства обороны СССР Иван Данилович Исаенко назначается заместителем начальника, а в 1974 году - начальником Центрального продовольственного управления МО СССР. Постановлением Совета Министров СССР в 1982 году Ивану Даниловичу было присвоено звание генерал-полковника.

В мирное время службе приходилось выполнять не только свои прямые обязанности по бесперебойному обеспечению армии и флота продовольствием, но и серьезно заниматься созданием запасов во всех звеньях войск, и строительством баз, складов, промышленных предприятий службы, созданием совхозов, подсобных хозяйств, а также столовых. С появлением новой техники менялись и нормативы при современных боевых операциях. Для обеспечения личного состава, обслуживающего новейшую технику, потребовалось вносить существенные коррективы в работу службы. Создавались новые виды продуктов питания, имевшие высокую пищевую ценность, сравнительно малый вес и упаковку, которая бы защищала их от внешней среды. Производились и поступали на оснащение службы новые виды технических средств, которые позволяли обеспечивать войска в любых условиях боевой деятельности.

В декабре 1988 года Исаенко ушел в отставку с благодарственным адресом от министра обороны.

Награжден орденом Октябрьской Революции, орденом Отечественной войны I и II степени, орденом Трудового Красного Знамени, тремя орденами Красной Звезды, орденом "Знак Почета". Удостоен почетного звания "Заслуженный работник пищевой промышленности". Отмечен малой золотой (1960) и серебряной (1988) медалями ВДНХ СССР.

Живет в Москве.